Постановлением № 234‑ПГ официально установлена охранная зона для памятника природы областного значения «Пущинская усадьба». Это означает, что территория — правобережный склон долины реки Оки в черте Пущино — получает особый правовой режим, направленный на сохранение природных комплексов и объектов, обладающих экологической, научной и культурной ценностью.
Охранная зона Пущинской усадьбы расположена на правом берегу Оки и охватывает территорию со сложным рельефом, включающим поймы, террасы и коренные берега. Геологическая основа здесь сформирована дочетвертичными известняками, глинами и доломитами, а поверхность — моренными суглинками и древнеаллювиальными отложениями. Заметны современные геоморфологические процессы — карст, оползни, эрозия. Природный ландшафт дополняется множеством гелокренов — выходов подземных вод, не промерзающих зимой.
Растительность представлена богатым набором широколиственных лесов, пойменных лугов и кустарников. Встречаются редкие виды, такие как колокольчик широколистный и посконник коноплевый. На склонах растут клены, липы, тополя и ивы, внизу — ольха и черемуха. Почвы в основном серые и аллювиальные, но есть и участки с урбанизированной дегрессией из-за рекреационного воздействия.
Животный мир охранной зоны разнообразен: в лесах обитают белки, зайцы, соловьи, мухоловки и дятлы, на лугах — овсянки, трясогузки и щеглы, в поймах — лягушки, кряквы, болотные луня и лисицы. Богата и фауна беспозвоночных — от жуков и бабочек до стрекоз и водяных насекомых, включая редкие и экологически значимые виды.